Процесс этот будет происходить в ближайшие несколько недель, но для издателей, которым все-таки доступ к персональной информации необходим, выделили специальную форму, через которую можно подать заявку.
Проверка приложений, судя по всему, будет происходить исключительно в ручном режиме, и в ходе нее будут оценивать правомерность получения доступа, объяснение пользователю необходимости доступа к сообщениям и звонкам, наличие альтернатив для реализации функционала (например, для регистрации по СМС теперь есть SMS Retriever API) и т.п.
Если вы разрешение не получите, то необходимо будет убрать функционал и перевыпустить приложение в самое ближайшее время.