Seq: язык программирования для геномики и биоинформатики

Seq — язык программирования для вычислительной геномики и биоинформатики, “диалект” Python. Благодаря синтаксису, совместимому с Python, и множеству специфичных для предметной области функций и оптимизаций, Seq делает написание высокопроизводительного программного обеспечения для геномики столь же простым, как написание кода Python, и обеспечивает производительность, сравнимую (а во многих случаях лучше) C/C++.

Пример:

s = s'ACGTACGT'    # sequence literal
print s[2:5]       # subsequence
print ~s           # reverse complement
kmer = Kmer[8](s)  # convert to k-mer
K2 = Kmer[2]       # type definition

# iterate over length-3 subsequences
# with step 2
for sub in s.split(3, step=2):
    print sub[-1]  # last base

    # iterate over 2-mers with step 1
    for kmer in sub.kmers[K2](step=1):
        print ~kmer  # '~' also works on k-mers